'הבשורה על פי ישו' שוזר את פרשת חייו של ישו, על רקע נופי הארץ, מנקודת-ראותו של מספר בן זמננו. זהו ספר עז על שלטון, קורבן ועקידה. בחריפות מדהימה הוא "מפרק" את סיפורי הברית-החדשה – לאו דווקא באמצעות הסבר פסיכולוגי-ריאליסטי של הטקסט הדתי, שהיינו מצפים לו מאתאיסט.
ישו של סאראמאגו, שהידועה-בציבור שלו היא מרים המיגדלית, מסרב למות כמשיח של דת חדשה ומעדיף למות כמלך היהודים, כדי לסכל את תוכניתו האימפריאליסטית של אל, שמאס באלוהותו על עם קטן ומבקש להקים לו כנסייה כלל-עולמית. אבל מאחר שהרצון האלוהי מוחלט, והחופש האנושי הוא רק למרוד ולהיענש – מנוצל גם המרד של ישו במסגרת התוכנית האלוהית, כי אין טוב לייסוד דת חדשה ממוות מכמיר-רחמים של משיח.
אלוהים של סאראמאגו נברא על-ידי התודעה האנושית בצלמה, והוא משקף את גבולותיה. הוא מניפולטיבי, ציני ומחושב, תאֵו שלטון ודם קורבנות. דווקא השטן (האספקט האחר, הבלתי-נמנע, של העיקרון האלוהי) הוא אחת הדמויות מעוררות האהדה בספר.
מבחינה פסיכולוגית, סיפורו של ישו הוא סיפור אשמתו של אביו הנגר יוסף, על שלא מנע את טבח התינוקות שפקד הורדוס בבית-לחם, ורק הציל את בנו – ובעצם אשמתו על מאווייו לעקוד את בנו, שמתגלגלת לחרדה של הבן שאביו ירצח אותו. כך מייהד סאראמאגו את הנצרות (בתיווכו הסמוי של פרויד) והופך את יחסי אברהם-יצחק לדגם היסודי שלה.
אבל הנושאים "הגדולים" הללו – מהם לעומת שיחה קומית אחת של האם מרים עם מלאך על חיי המין של אלוהים, כשבא זה להודיע לה שאלוהים מהל את זרעו בזרע בעלה ("לא היית אלא אם פונדקאית"); או סיפור מצמרר כגון צליבתו של האב יוסף בציפורי על-ידי הרומאים, כשחסר להם צלוב מספר ארבעים להשלמת הסימטריה.
'הבשורה על פי ישו', אולי הרומאן הנועז ביותר של סאראמאגו עד כה, שעורר שערורייה ממשלתית בפורטוגל, מגלה שוב את יכולת התיאור המופלאה שלו, השנינה, העומק הפסיכולוגי, ובעיקר היכולת להתיך יחד הומור עם סיפור קורע-לב וחכם.